O GEIPOT foi criado pelo Decreto nº 57.003, de 11 de outubro de 1965, com a denominação de Grupo Executivo de Integração da Política de Transportes e com sua direção superior formada pelo Ministro da Viação e Obras Públicas, Ministro de Estado da Fazenda, Ministro Extraordinário para o Planejamento e Coordenação Econômica e pelo Chefe do Estado Maior das Forças Armadas, conforme foi sugerido pelo Acordo de Assistência Técnica firmado naquele ano entre o governo brasileiro e o Banco Internacional para a Reconstrução e Desenvolvimento (BIRD).
O Decreto-Lei nº 516, de 7 de abril de 1969, transformou esse grupo interministerial em Grupo de Estudos para Integração da Política de Transportes, subordinando-o ao Ministro de Estado dos Transportes. Essa subordinação foi mantida pela posterior Lei nº 5.908, de 20 de agosto de 1973, que transformou esse Grupo de Estudos em Empresa Brasileira de Planejamento de Transportes, preservando a sigla GEIPOT.
Os objetivos do GEIPOT, estabelecidos por lei, foram o de prestar apoio técnico e administrativo aos órgãos do Poder Executivo que tenham atribuições de formular, orientar, coordenar e executar a política nacional de transportes nos seus diversos modais, bem como promover, executar e coordenar atividades de estudos e pesquisas necessários ao planejamento de transportes no País.
Portanto, durante 36 anos, o GEIPOT assessorou o Poder Executivo sob a orientação e aprovação do Ministério dos Transportes, no planejamento, na formulação e na avaliação das políticas públicas do setor, o que lhe permitiu constituir um corpo técnico altamente qualificado, com visão global do processo decisório do Estado, e um valioso acervo de informações e conhecimentos, transformando-o em centro de referência internacional para os estudos de transportes no Brasil.
Com a reestruturação do Setor Transportes no ano de 2001, o GEIPOT colaborou no acompanhamento e na realização de análises técnicas do projeto de Lei nº 1615/99, consolidado na Lei nº 10.233, de 5 de junho de 2001, que criou o Conselho Nacional de Integração de Política de Transportes Terrestres (CONIT), a Agência Nacional de Transportes Aquaviários (ANTAQ), a Agência Nacional de Transportes Terrestres (ANTT) e o Departamento Nacional de Infra-Estrutura de Transportes (DNIT). Com a instalação das Agências reguladoras e do DNIT, o GEIPOT entrou em processo de liquidação, de acordo com o Decreto n° 4.135, de 20.2.2002, publicado no Diário Oficial da União do dia 21 subseqüente.
O processo de liquidação, com prazo inicialmente previsto para durar 180 dias, foi posteriormente prorrogado, por iguais períodos.
O GEIPOT foi extinto pela Medida Provisória nº 427, de 9 de maio de 2008 (convertida na Lei nº 11.772/2008), oportunidade em que foi instituída a inventariança, cujos procedimentos estão disciplinados no Decreto nº 6.485, de 17 de junho de 2008.